Het eiland van Kyra Panagia wordt soms ook wel Pelagos of Pelagonisos genoemd. Het is de naam van het grootste verlaten eiland ten noorden van Alonissos. Het is 25 km2 groot en het hoogste punt is 299 meter. Het eiland is grotendeels bedekt met lage struiken en planten, maar er zijn ook enkele olijfbomen. In de oudheid stond het eiland bekend als Ephthyros en als Polyaigos. Administratief is Kyra Panagia een onderdeel van de gemeente Alonnisos, maar het eiland is eigendom van het Megisti Lavra klooster op de berg Athos, omdat het aan hun werd gegeven door de Byzantijnse keizer in 963. Tegenwoordig zijn er mensen die het land huren van het klooster om hun geiten te laten grazen. Omdat er veel bronnen op het eiland zijn, is het een goede plek om dieren te houden. Er is een klooster aan de oostkant van Kyra Panagia dat op dit moment (2011) wordt gerestaureerd. Het wordt bewoond door een monnik.

Kyra Panagia heeft twee natuurlijke havens, Agios Petros en Planitis. De laatste, Planitis, is de veiligste van de twee en zoals vele havens op de Griekse eilanden was dit in de Middeleeuwen een schuilplaats voor piraten. Opgravingen van de ruïnes in de baai van Agios Petros tegenover het eilandje Melissa, hebben aangetoond dat het is bewoond sinds de neolithische tijd, in ongeveer 6000 voor Christus. Er zijn keramiek, beeldjes, gereedschap en dierlijke botten gevonden. Er wordt aangenomen dat Kyra Panagia de site was van het oude Alonissos. Dicht bij het eiland, in de baai van Agios Petros, is een scheepswrak gevonden van een commercieel schip, dat 3.000 tot 4.000 wijn amforen aan boord had.

Aan de oostelijke kant van het eiland ligt het klooster van Kyra Panagia waaraan het eiland zijn naam ontleent. Het werd gebouwd in 1100 na Christus in de vorm van een klein fort (dit werd gedaan als bescherming tegen aanvallen van piraten). Vlak bij dit klooster liggen de resten van een andere veel oudere Basiliek. Kyra Panagia is open voor bezoekers.