Este es uno de los principales problemas que nos encontramos en cualquier transplante, ya sea entre individuos de diferente especie o de la misma. El organismo reconoce el nuevo órgano como no-propio, y en ese momento se pone en funcionamiento su sistema immunológico produciendo anticuerpos y proteínas del sistema del complemento. Este sistema del complemento es un obstáculo en nuestros planes para transplantar órganos entre especies.

      El complemento es un mecanismo de defensa que se compone de más de 30 proteínas. Este marca la membrana de cualquier célula que presumiblemente no sea propia. Una vez marcadas, a éstas son atraidos ciertas célula songuínias como fagocitos, que mediarán una respuesta del organismo contra estas células no propias.

      El mayor problema de los xenotransplantes es que la respuesta immunológica (humoral), es muy vigorosa a causa del complemento que actua rápidamente, destruyendo todas las células foráneas mucho más eficazmente que si se tratara de una respuesta celular. Para evitar el problema de rechazo del órgano, al paciente se le suministraba un "cocktel" de 4 drogas, compuesto por: FK506, Ciclofosfamida, Prostaglandina y Prednisona.

      Parece ser que con este combinado de fármacos, se consigue aplacar de manera muy eficaz la respuesta immunológica, pero existe un problema: La administración ha de ser ininterrumpida, así que se le ha de mantener durante todo el periodo de tiempo que se mantenga el transplante.

      Debido a esto, algunos investigadores pensaron en la creación de animales transgénicos (cerdos), que expresaran los genes humanos que protegen las células propias del ataque del complemento (proteinas reguladoras del complemento y proteinas DAF).De esta manera, el organismo del paciente no podrá atacar el nuevo órgano de la otra espécie, ya que éste evitará la ofensiva del complemento grácias a los genes humanos que han sido introducidos en su genoma.