Elle naquit le 17 avril 1620 à Troyes, en France. Bien qu'on ne put faire sonner les cloches pour annoncer sa naissance (les cloches se trouvaient à Rome), Marguerite fut baptisée l'après-midi même de sa naissance. Elle était la septième enfant de ses parents. Sa mère, Guillemette Garnier, donna naissance à 12 enfants dont 4 décédèrent jeunes. Guillemette Garnier décéda, quant à elle, peu avant Noël 1638. Marguerite, alors âgée de 18 ans, dut prendre soin de ses frères et soeurs plus jeunes...
           Lors de la fête du Rosaire du 7 octobre 1640, elle croit se sentir toute changée. Elle décida alors de se donner au service de Dieu. Elle entra donc dans la Congrégation externe des Chanoinesses Régulières de la Congrégation de Notre-Dame, fondée par Pierre Fourier (et installée à Troyes depuis 1628).
           Deux ans plus tard, son confesseur, M. Antoine Gendret, lui propose d'entrer chez les Carmélites. Cependant, ni les Carmélites, ni une autre congrégation n'accueillirent Marguerite. Malgré tout, le 21 décembre 1643, elle fit voeu de chasteté et, un peu plus tard, elle fit le voeu de pauvreté.
           Puis, à nouveau dirigée par M. Gendret, Marguerite entreprend avec 2 compagnes de vivre selon la vie voyagère de Marie (la Vierge). Elles s'appliquèrent aux tâches de charité, aux prières... Cependant, ses 2 compagnes l'abandonnèrent (l'une se maria et l'autre décéda).
           Pendant l'automne de 1652, un événement très important marqua la vie de Marguerite Bourgeoys. En effet, elle rencontra Paul Chomedey de Maisonneuve qui était à la recherche d'institutrices et d'hospitalières (qui ne pouvaient être des religieuses cloîtrées) pour amener à Ville-Marie. Cette ville était en ce moment en situation très précaire, compte tenu des attaques fréquentes des Iroquois. Marguerite accepta donc de se rendre en Nouvelle-France, principalement pour ouvrir une école pour les enfants des habitants de Ville-Marie.
           Le 20 juin 1653, ce fut l'embarquement sur le navire Saint-Nicolas de Nantes au port de Saint-Nazaire, en France. Malheureusement, peu après le départ, on constata que le navire était pourri et on décida de revenir à St-Nazaire. Le nouveau navire quitta le port de Saint-Nazaire le 20 juillet 1653. La maladie frappa plusieurs hommes au cours de cette traversée puis, enfin, le navire arriva à Québec le 22 septembre 1653.
           Marguerite demeurera à Québec pendant un certain temps pour guérir les soldats. Puis, elle partit vers Ville-Marie en compagnie des soldats guéris. Peu après son arrivée, elle fit ériger une croix pour remplacer celle que M. de Maisonneuve avait fait dresser (suite à la crue de 1642) et qui avait été abattue par les Amérindiens. Au cours de ses premières années à Ville-Marie, Marguerite prit en charge la demeure de M. de Maisonneuve et aida Jeanne Mance à l'Hôtel-Dieu.
           En 1657, Marguerite Bourgeoys entreprit l'édification d'une chapelle, mais M. de Queylus (Sulpicien, Grand Vicaire) lui demanda d'en suspendre la construction.
           Finalement, le 22 janvier 1658, M. de Maisonneuve donna à Marguerite Bourgeoys un bâtiment de pierre qui servirait d'école pour l'instruction des filles de Ville-Marie. Le premier jour de classe fut le 30 avril 1658. Puis, en juillet, Marguerite fonda la Congrégation externe de Ville-Marie : la Congrégation de Notre-Dame.
           En septembre 1658, Marguerite quitta la Nouvelle-France. Elle retourna en France pour aller chercher des institutrices. Le 29 juin 1659, le navire Saint-André quitta La Rochelle, avec Marguerite à bord, pour retourner en Nouvelle-France. Dans le navire, l'on comptait aussi une douzaine de jeunes filles «pour marier».
           En 1660, Mgr François de Montmorency Laval, premier évêque du Canada, visita Ville-Marie et Marguerite Bourgeoys. Puis, en 1663, la Confrérie de la Sainte-Famille naquit à Ville-Marie. Par la suite, Marguerite se chargea de la formation des filles du roi. Elle fut aussi la marraine de plusieurs enfants de Ville-Marie.
           Elle instruisit ses soeurs, pour lesquelles on édifia une maison en octobre 1670. Puis, Marguerite repartit en France, mais revint peu de temps après. Dès son retour, elle fit édifier une chapelle, la chapelle Notre-Dame de Bon-Secours. Cette dernière sera détruite, puis reconstruite.
           En 1676, Monseigneur de Laval reconnaît enfin la Congrégation de Notre-Dame, la première communauté religieuse séculière non-cloîtrée de Ville-Marie, par lettres canoniques. Cette congrégation fut vouée à l'enseignement. En 1679, Marguerite fut élue à la tête de cette communauté qu'elle avait elle-même fondée.
           En 1694, grâce à la générosité de Jeanne Le Ber, on construisit une église pour la Congrégation. Puis, au mois de juin de 1698, les soeurs de la Communauté présentes à Montréal signent les règles et pronocent leurs voeux.
           Marguerite Bourgeoys s'éteignit le 12 janvier 1700. Elle fut béatifiée 250 ans après sa mort, soit en 1950, et canonisée par le pape Jean-Paul II en 1982.