Neo Tokio 2 es el nuevo capital de Japón (al capital neo de Tokio 3 se convierte de todos modos), puesto que el alto Tokio fue inundado por wassermassen de los postes. La ciudad fue establecida directamente en el área de la ciudad anterior Nagano. En Neo Tokio 2 es la oficina central de muchas empresas grandes, multinacionales. Al lado del gobierno japonés y de los Naciones Unidas acomoda la ciudad muchas direcciones de las compañías grandes de la industria pesada. Una razón de porqué el jet solamente fue desarrollado también aquí y construido.

También NERV tiene un rama pequeño en Neo Tokio 2. De tal modo en dos el acto de las gamas se subdivide alrededor de un alto dispositivo de seguridad. En la una mano la planta subterránea de la prueba, que automatiza por razones de la seguridad y trabaja perfectamente sin tripulación. Por otra parte una planta en la superficie, que es responsable de control y de la supervisar de la planta A.