Existen universidades creadas ya específicamente para ser universidades virtuales. La mayoría de ellas provienen del ámbito de las universidades abiertas o a distancia. Estas últimas han tenido que adaptarse también a los nuevos retos de la tecnología experimentando interesantes cambios organizativos en su evolución que ponen en duda el concepto educativo sobre el que se basaban las universidades a distancia tradicionales.

Desde el punto de vista organizativo estas universidades manifiestan necesidades muy diferentes a las tradicionales. La gestión académica y sobretodo la necesidad de actuar a partir de un modelo educativo previamente definido y que condiciona la organización conducen a un modelo organizativo diferente.