Jennifer Garner, Ron Rifkin, Michael Vartan, Bradley Cooper, Victor Garber, Merrin Dungey, Carl Lumbly, Greg Grunberg, Kevin Weisman, Amy Irving, Evan Dexter Parke, Joey Slotnick, Gina TorresU

SINOPSIS:
Consciente:
El equipo de extracción organizado por Jack cumple a la perfección su cometido y Sydney está a salvo. Con la nueva información conseguida Jack y Sydney viajan al lugar marcado por las coordenadas ocultas y encuentran una caja con una desagradable sorpresa.
En el intento por recuperar la memoria de Sydney, Sloan advierte de la existencia de un Doctor especializado en técnicas no intrusitas de recuperación de memoria. Vaughn, Jack y Sydney visitan al Doctor Brezzel, el excéntrico neurólogo profesor de Yale que puede sacar a Sydney de la oscuridad de sus últimos dos años.

Vestigios:
Sydney ha conseguido acceder a sus recuerdos perdidos. Sus recuerdos son difíciles de esperar, Will y su Padre aparecen en ellos. Sydney sufre un problema con el cóctel de drogas usado y el Doctor Brezzel se ve obligado a sacar a Sydney de su estado.
Los recuerdos recuperados conmocionan a Sydney que está decidida a recuperar el contacto con Will aunque tenga que sacarle del programa de protección de testigos. Sydney viaja a Wisconsin donde Will se ha convertido en un ánimo obrero de la construcción.

Revelación total:
El Departamento de Investigaciones especiales (DIE) irrumpe en la Agencia y se hace con la custodia del artefacto de Rambaldi. Sydney frustrada por la pérdida de competencias se va a casa pero allí alguien le dispara un dardo tranquilizante.
Syd se despierta dentro de un avión en pleno vuelo, su compañero de viaje es Kendall que en realidad no es subdirector del FBI, trabaja para el DIE y sabe lo que le pasó a Sydney durante su cautiverio.

Cruces:
La CIA prepara una operación en territorio hostil, Corea. Un miembro del pacto quiere desertar y Sydney y Vaughn son los encargados de sacarle del país. Lauren trabajo ahora muy cerca del pacto y suministra información que capacita al pacto para lanzar un ataque con misiles sobre el avión de la CIA.
Sydney y Vaughn logran salir con vida del aparato pero aun no están a salvo. Jack desde Los Ángeles contacta con Irina para que ayude a su hija, Irina envía a Katia.