Cinq ans après les évènements racontés dans La bataille des Jedi, la fragile République doit subir les assauts du Grand Amiral Thrawn.  Non seulement celui-ci a pu rassembler les restes des forces de l'Empire, mais il a réussi à repousser les Rebelles, grâce à une arme aussi effroyable qu'imparable, les clones-soldats.  Malgré les effrots de Yan Solo et de son fidèle Chewbacca qui tentent de mettre sur pied une armada composée de contrebandiers de l'espace, l'Empire paraît trop puissant pour que l'on puisse lui résister.  Seul espoir:  l'envoi d'une petite troupe d'hommes décidés, menés par Luke, au coeur même de la Forteresse qui abrite les redoutables clones du Grand Amiral.  Tapi dans son repaire secret, C'Boath, le Jedi fou, rire discrètement les ficelles et organise la guerre contre les Rebelles.