A medida que se avanzó en la investigación sobre la herencia, se fue descubriendo que existían pares de genes que no se heredaban en las proporciones que había encontrado Mendel. Y por lo tanto no se cumple siempre la tercera ley . Esta ley se cumple cuando los caracteres elegidos están regulados por genes situados en distintos cromosomas.
Como se aprecia en el esquema los dos caracteres elegidos por Mendel color de la semilla "A" y forma de la semilla "B" se encuentran en distintos cromosomas y por lo tanto el individuo dihíbrido AaBb formará cuatro clase de gametos (AB, Ab, aB, ab ). En cambio si los genes que estamos estudiando se encuentran localizados en el mismo cromosoma , un individuo que tuviera el mismo genotipodihíbrido AaBb sólo formará dos clases de gametos, en el caso concreto del esquema se formarán los gametos con las combinaciones : AB, ab.

En el caso concreto de las semillas de guisantes, como se ve en el esquema siguiente, en el que se ha utilizado la técnica del retrocruzamiento o cruce de prueba tendríamos estos resultados:

• Si los genes fueran independientes, el individuo dihíbrido AaBb formará cuatro posibles gametos que darán origen a cuatro fenotipos posibles : amarillo-liso, amarillo - rugoso, verde - liso, verde - rugoso
• Si los genes están ligados, el individuo dihíbrido formará solamente dos tipos de gametos y se obtendrán solamente dos fenotipos : amarillo-liso y verde- rugoso .

Hoy en día sabemos que los cromosomas son portadores de un número elevado de genes, por lo tanto, cuando un cromosoma es heredado por un hijo también son heredados todos sus genes, y en este caso su comportamiento no sigue la Tercera Ley de Mendel, es decir, no se segregan independientemente.
A los genes que están localizados en el mismo cromosoma se les llama genes ligados.

Los genes ligados pueden encontrarse en fase de acoplamiento , alelos dominantes en el mismo cromosoma; o en fase de repulsión, alelo dominante de un carácter junto al recesivo para el otro carácter.

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