Si bien el formato nació en 1995, su historia se remonta hace casi 20 años atrás, para ser más precisos, a 1987. Todo comenzó en el Instituto Fraunhofer, un laboratorio de investigación líder en el campo de la codificación de audio comprimido cuya sede central está en Alemania y cuenta con más de 80 ingenieros que se dedican a crear soluciones audiovisuales.

Así fue como trabajando en el proyecto EUREKA (EU147) comenzaron a desarrollar el Digital Audio Broadcasting (DAB) y, junto con la Universidad de Erlangen, lograron un algoritmo muy potente que fue estandarizado en el año 1992 como ISO-MPEG Audio Layer-3 (IS 11172-3 e IS 13818-3) para poder garantizar así su compatibilidad a nivel mundial.

Tres años después, el 14 de julio de 1995, una encuesta interna del instituto alemán dio como resultado la denominación MP3, y se descartó el .bit que había sido empleado hasta ese momento.

El equipo que trabajó en su desarrollo lo formaban: Harald Popp, Stefan Krägeloh, Hartmut Schott, Bernhard Grill, Heinz Gerhäuser, Ernst Eberlein, Karlheinz Brandenburg y Thomas Sporer.