O poder do ninjutsu veio a molestar de forma desastrosa o general Oda Nobunaga, militar de grande prestigio, na ativa plena no ano de 1562, vindo a se tornar shogun em 1568, onde passou a perseguir todas as seitas budistas para acabar com o poder religioso, vindo a destruir os templos heizan e executar cruelmente todos os monges e seguidores budistas que os soldados de Nobunaga encontravam.

Treze anos depois de se tornar Shogun, Oda Nobunaga conseguiu por intermédio de traidores da comunidade ninja, descobrir a localidade da montanha Iga, localizada próxima a província de Edo, hoje cidade de Tóquio, e com isto, no dia 03 de novembro de 1581, Oda Nobunaga entrou na província de Iga com cerca de 46.000 Bushis, ou seja, guerreiros do império, sitiando apenas à 4,000 ninjas sob o comando do Jonin Sandoyu Momoshi, iniciado neste dia a maior batalha de toda a historia do Ninjutsu, nomeada de Tenno Iga No Ran, batalha esta que durou uma semana, acabando com a resistência do Jonin Sandoyu Momoshi, todavia, em proporção estratégica de guerra, a maioria dos bushis do império morreram, enquanto a maioria dos ninjas sobreviveram.
Estes ninjas sobreviventes vieram a se misturar com o inimigo, com o povo e inclusive com a própria corte do General Oda Nobunaga.
Porém, depois da Tenno Iga No Ram ter sido finalizada, ainda sobreviveu oculto nas florestas e montanhas, pequenos grupos ninjas, que continuaram os estudos do ninjutsu, porém com mais experiência e sigilosidade.
Contudo, grupos menores e menos conhecidos não interviram em batalha aberta com as tropas do general Oda Nabunaga, e trocando sua estrutura de grupo, trabalharam para o fim da repressão. Final este consolidado somente com a morte do general Oda Nabunaga, morto em Kyoto por um de seus rivais, o Daimio Mitsuhide Akeushi; existem referências de que o Ninjutsu teve total influencia na morte de nabunaga, o General Leyasu Tokugawa, braço direito de Nobunaga, conseguiu o poder de shogun em 1603, graças a erradicação total dos rivais em seus domínios, sendo uns decapitados e outros deportados.
O general Leyasu Tokugawa havia solicitado os serviços do Jonin Hanzo Hattori , depois do ataque de Nobunaga aos domínios de Iga, pois com os serviços deste ninja, pode tokugawa alcançar o shogunato.

O general Leyasu Tokugawa protegia firmemente os guerreiros ninjas, possuindo ele uma guarda pessoal formada por 300 ninjas em seu castelo na província de Edo, hoje Tóquio, guardas estes, considerados por ele os mais fiéis e implacáveis para com a segurança dos domínios de Tokugawa. E em pouco tempo, o general Leyasu tokugawa conseguiu unificar o Japão, restaurando a paz e a ordem; então os ninjas começaram a trabalhar para o império japonês na guerra chino - japonesa, participando ativamente, também na guerra contra a rússia em 1905 e na segunda grande guerra mundial, em 1945.