De acordo com a historiografia, as artes marciais têm sua origem entre os anos 4000 e 3000 A.C. As tradições mitológicas remetem-nos, por sua vez, aos tempos ainda mais remotos da lendária civilização atlante. Do ponto de vista místico, no entanto, não existem divergências: As Artes Marciais são as artes do conflito permannte, e este só se dá quando o homem alcança a consciência de si próprio.
Desde o primórdio dos tempos em que o homem primitivo buscava meios estratégicos para sobreviver, já existia literalmente, a arte do ninjutsu, pois o ninjutsu sempre foi baseado em princípios de sobrevivência humana, assim, podemos dizer que, a arte dos guerreiros das sombras, ou seja, o ninjutsu vem a ser o estudo das vulnerabilidades humanas e meios para se vencer tais problemas sem afetar a harmonia natural do universo em que o ninja se encontrava.

A estratégia operacional utilizada pelos antigos ninjas buscava manter a supremacia integro corporal na execução das missões a que o guerreiro ninja era designado, pois sua descoberta seria fatal na maioria das vezes, tanto pela negligencia do não cumprimento da missão quanto por suicídio, uma vez que, o guerreiro ninja não aceitava a derrota, e o suicídio significava para ele a purificação do espírito. Os ninjas na maioria das vezes executavam as missões a que eram designados, sozinhos ou em pequenos grupos de no Maximo seis guerreiros, pois grande parte de suas missões centralizava-se na arte da espionagem, o campo mais importante na movimentação de um exército na Arte da Guerra: pois jamais haverá em todo o exército relações mais íntimas que as mantidas com espiões. Nenhuma outra deverá haver mais segredos.

Os antigos ninjas não podiam ser empregados utilmente sem um certo grau de sagacidade intuitiva. Antes de emprega-los, seus superiores deveriam ter e certeza de sua integridade de caráter e do tamanho de sua experiência e habilidade. Um rosto atrevido e uma disposição ladina são mais perigosos que montanhas e rios, é preciso ser gênio para penetrar em ambos, e os ninjas sem a menor sombra de dúvida eram.

As origens combativas e marciais do Ninjutsu teve como matriarca a antiga China, em especial o Templo de Shaolin.
Em certa época em que existia os monges ortodoxos de Shaolin, existia também muito sofrimento entre o povo de médio e baixo nível social, sendo unicamente responsável, o governo chinês, o mesmo humilhava e massacrava o povo injustamente de maneira cruel e impune; altos impostos e morte sumária para o não pagamento dos impostos, e qualquer motivo que viesse a desabonar os cofres públicos e a integridade do governo, contribuindo assim para o crescimento da miséria e da fome. Todavia, vendo ta situação, os monges de shaolin vieram a se tornar guerreiros da noite, tanto que, seus trajes que antes eram de cores claras vieram a se otrnar de cores escuras, possibilitando o deslocamento dos mesmos durante a noite, camuflando-se nas sombras da escuridão, onde exerciam atos de espionagem e sabotagem, visando descobrir e erradicar os planos governamentais contra o povo, tal acontecimento teve início na dinastia Chin. Tal evidência com relação a filosofia Shaolin e as cores dos uniformes é marcada até hoje pelas escolas de Kung-Fu que adotam em sua maioria uniformes negros.
No final os manchu vieram vieram a descobrir os atos que eram cometidos pelos monges de shaolin veio então a ocorrer a invasão e destruição dos templos de Shaolin (norte e sul). Com isto muitos monges foram mortos, mas os que conseguiram escapar, fugiram para outros paises e levaram consigo seus conhecimentos marciais e filosóficos. Muitos chegaram até o arquipélago japonês, e com medo de serem descobertos e perseguidos pela doutrina religiosa que seguiam, fugiram para as montanhas, mais propiamente na região de Iga e Koga, onde o acesso era de difícil descoberta e entrada.

Nas montanhas japonesas, esta semente deu seus maiores frutos, sendo uma sociedade guerreira religiosa, viviam para os estudos esotéricos e práticas marciais. Fortalecendo dia a dia suas fileiras combativas, pois com o decorrer dos anos, os povoados ao redor ficaram sabendo da exist~encia desta sociedade, contribuído para que novos adeptos viessem a surgir e estruturar ainda mais o início de uma poderosa arte marcial de guerra que seria conhecida no futuro como Ninjutsu, porém o Japão antigo estava dividido em feudos que lutavam constantemente entre si pelo nome de Shogunato, veio também a intervir na filosofia e modo de vida dos antigos samurais, cujo significado literal vem a ser, "servir e proteger". Os antigos samurais andavam livremente pelo povo, cultivando e levando o senso de justiça como padrões de suas vidas, eles eram como policiais, porém a influência do Shogunato fez com que os samurais se voltassem contra o povo, a que deviam respeito e devoção, tal influência negativa, resultou de maneira que começaram a exercer seus poderes sociais de forma monstruosa e revoltante, onde muitas mortes foram cometidas injustamente pelo simpples fato do não cumprimento das leis do shogunato.

Neste ponto de extrema violência e injustiça, veio a aparecer os monges guerreiros das montanhas, conhecidos como yamabushi, tais monges possuíam no íntimo, um sentido diferente de justiça, cujo código de honra estava relacionado com a liberdade por excelência do homem e da benevolência para com o universo, este sentido é conhecido no Ninjutsu como Ninja Kono Kokoro, constituindo-se um grande perigo para o império shogunato e para a classe samurai, pois para eles, os monges nada mais eram do que rebeldes sociais.
O vocábulo Nin, utilizado no ninjutsu, significa justamente isso; resistência, paciência, força interior, oculto e sombras; o problema para o shogunato começou então neste ponto, a descoberta dos valores humanos pelo o povo, por intermédio dos yamabushi. Porém, estes mesmos monges vieram a receber apoio de muitos Daymios, que desejavam possuir grandes conhecimentos marciais, e, quando vieram trabalhar para os Daymios ficaram conhecidos como Ninja, pois exerciam atos de espionagem, sabotagem e desmembramento das fileiras militares do shogunato. Tal soberania técnica operacional dos ninjas teve forte apoio dos conhecimentos guerreiros dos Ronins e também dos Yamabushis e tornaram-se membros efetivos da causa, talvez pelo fato, de verem que realmente o Japão necessitava de uma unificação pacífica para o fortalecimento da nação, uma vez que, já começava a ocidentalização do arquipélago japonês.

Desde o ano de 593 D.C tem-se referências de linhas de espionagem Ninjas a serviço do príncipe Shotoku Taiski, que em muito contribui para a popularidade do guerreiro ninja como um ser humano capaz do impossível aos olhos humanos, porém, tudo não passava de técnicas de ilusionismo operacional iniciada pelos ninjas no governo do príncipe Shotoku taiski baseando-se unicamente ans lendas e crendices religiosas, constituindo-se uma imagem de invulnerabilidade e soberania sobre humana.
Todavia o auge do Ninjutsu veio a ocorrer durante o período Heian, de 795 à 1185, onde o ninjutsu se estruturou como uma terrível arte de guerra onde não existia a palavra "derrota". Tudo em favor da unificação do Japão em uma grande e soberana nação. Contudo, durante o período Kamakura, de 1192 à 1333, o ninjutsu viveu sua idade de ouro e de incontáveis vitórias em campo de batalha real, onde ainda se submetiam a ditadura militar de shogun, todavia, muito mais enfraquecida em virtude da capacidade estratégica que o antigo guerreiro ninja tinha de sabotar e desmembrar gradativamente as fileiras militares da ditadura shogunato.