Uma das das maiores famílias ninjas de Iga foi sem duvida a família Hattori. Eles vieram de Otomo Hosato, um alto membro de umas das mais importantes famílias japonesas, e da china. A família Otomo estava a serviço da família real principalmente em função de seus conhecimentos de combate. Os filhos de Hattori foram permitidos mais tarde de construir suas próprias linhagens de família.
De acordo com outras fontes foi Iga Heinazaemon No Jo Ienaga (o fundador da Kumogakure Ryu) que deu ao filho mais velho, hattori heitaro Kareyuki, o direito de usar o nome da família Kamihattori.
O filho do meio, Hattori Heitaro Yasuyori, fundou o nome da família Nakahattori, e o mais novo fundou o nome da família Shimohattori.
Cada família tinha seu próprio Mon (escudo), onde o Kamihattori Mon era Yahazu Nihon (duas cabeças de flecha), Nakahattori foi Ichitomoe (um arco), e Shimohattori Mon foi Yaguruma (oito cabeças de flecha num anel).
A condição de cada família ter seu próprio escudo aponta para o fato de que eles tiveram a mesma classificação como um samurai.
De acordo com os livros de história moderna no Japão, Hattori hanzo foi um samurai de Iga. Quando Oga Nobunaga invadiu Iga, só 80 pessoas das três famílias Hattori sobreviveram. Eles fugiram para diferentes partes do Japão.
A família Kamihattori escapou para a vila de Nagaoka em Echigo, a família Shimohattori recebeu proteção da família Tokugawa em Mikan ou da família Ochi na vila de Takatori na província de Yamato. Nakahattori fugiu para as montanhas Takano.
O mais famoso ninja da história foi, sem sombra de duvida, Hattori Hanzo Masashige (1541 - 1596). Ele foi o filho de Hattori Nasa Yasunaga, que por meio de hereditariedade foi um vassalo da família Tokugawa, neste período Tokugawa era conhecido como Matsudaira. Eles vieram da linhagem da família Kamihattori, se eles vieram da família Heitaro ou Chigachi, não se sabe.
Hattori Hanzo foi praticamente criado com as artes marciais como sua principal ocupação na vida. Em 1557 quando Hattori Hanzo tinha dezesseis anos ele foi pela primeira vez na sua vida lutar em campo de batalha. Foi á noite, quando Tokugawa Ieyeasu atacou Uzichigo em Migawa (o castelo em Edo). Ele ganhou sua primeira recompensa em função de suas extraordinárias técnicas de combate no campo de batalha.
Ele ganhou o apelido de "Hanzo o fantasma", e Tokugawa também reconheceu suas habilidades depois que ele participou da batalha de Anagawa em 1570, e da batalha em Mikata Ga Hara em 1572.
outro apelido que ele ganhou por causa de sua habilidade foi "Hanzo o diabo".
A familia hattori não foi Watari Ninja (ninja que vendiam seus serviços pela maior oferta), eles eram fieis para com Tokugawa. Quando Oda Nobunaga foi assassinado por Akechi Mitsuhide, Tokugawa estava em uma vila perto de Osaka e foi ameaçado pelas tropas de Akechi.
Tokugawa então teve a assistência de Hattori hanzo e taro shiro, um Ninja de Koga. Juntos com 300 ninjas eles ajudaram Tokugawa escapar de Okazakijo usando Goton jutsu (técnicas de se esconder na natureza) e técnicas especiais de como avançar com segurança.
Muitos méritos de hattori hanzo deram a ele um grande reconhecimento e ele foi condecorado com o comando dos samurais de Hanssenshi.
Hattori hanzo morreu em batalha em 04 de Dezembro de 1596, quando ele tinha o comando de uma tropa que iria aterrorizar os Ninja de Fuma Ryu no mar em barcos, mas os Ninja de Fuma tinham enchido a água de óleo e botaram fogo nela. Todos eles morreram queimados. Hattori hanzo foi sucedido por Hattori Iwami No Kami Masanari.
A população japonesa ainda conta sobre Hanzo em áreas em volta de Kawauchi, ele também foi conhecido como "o grande lanceiro", um guerreiro muito forte. Não é muito o que liga ele ao ninjutsu: ele foi mais conhecido como um Bushi (um samurai) de Iga.
Durante o comando de Tokugawa Iemitsu, muitos ninja não gostavam do jeito que eles eram desonrados e tratados. Então eles escolheram preparar uma revolta contra os descendentes de hattori hanzo, que continuavam a serviço do Shogun. A revolta foi conhecida como "o incidente no templo de Sasa", a revolta foi vencida pelas tropas do Shogun e os lideres capturados e executados. A revolta foi o fim da grande era da família Hattori, eles perderam todo o seu status por causa de suas faltas em lidar com a situação.
Durante a grande era da família Hattori, antes da invasão de Oda Nobunaga, existiam muitos membros que foram bem sucedidos no clã da família Hattori Ryu.
Alguns deles foram conhecidos como:
