Όμως, παρά την φιλοτιμία των διοργανωτών, σημειώθηκαν έκτροπα, καθώς οι υποστηρικές του «Eλληνορθοδόξου» ιδεολογήματος, προσπάθησαν επίμονα να κερδίσουν τις εντυπώσεις. Με το σκεπτικό αυτό ενίσταντο απέναντι στην τάση διαχωρισμού ανάμεσα στον Eλληνισμό και την Oρθοδοξία, ανάμεσα στην επιστήμη και την πίστη, που εκφράστηκε από διακεκριμένους μελετητές στις εισηγήσεις τους για τον Πλήθωνα, όπως λ.χ. από τον ομότιμο καθηγητή της Φιλοσοφίας Βασίλη Κύρκο, τον καθηγητή της Πολιτικής Οικονομίας Γιώργο Μάρδα, τον δρ. της Φιλοσοφίας Θεόδωρο Σταυρόπουλο, τον δρ. της Θεολογίας Κώστα Ρηγόπουλο κ.ά.

 Εντύπωση περισσότερο έκανε η λυσσαλέα επίθεση ενάντια στην εισήγηση του ερευνητή της Πολιτικής Φιλοσοφίας στο Α.Π.Θ., Αλεξάνδρου Μήτσιου και του ερευνητή της Πολιτικής Οικονομίας στο Πάντειο, Κυριάκου Κατσαρού, με θέμα «Από την επαναστατικότητα του Ιουλιανού στη ριζοσπαστικότητα του Πλήθωνος: Βασικές θέσεις πολιτικές φιλοσοφίας και πολιτικής οικονομίας», που εκφωνήθηκε κατά την δεύτερη συνεδρίαση, την Πέμπτη, 27-6-«2002». Παρά τον ενθουσιασμό του κοινού, έγινε προσπάθεια εκ μέρους του προεδρείου να λογοκριθεί η επιστημονική ορολογία των εισηγητών με απαίτηση για αλλαγή λέξεων, ενώ οι Ανδρέας Κατσαμάνης και Σοφοκλής Δημητρακόπουλος, με την υποστήριξη αξιωματούχου κληρικού, φωνασκούσαν κατά των ομιλητών επιχειρώντας να αμαυρώσουν τις θετικές εντυπώσεις της ομιλίας τους.

 Είναι κρίμα τέτοια έκτροπα να επισκιάζουν ένα σημαντικό επιστημονικό συνέδριο και να κυριαρχούν ιδεοληψίες εις βάρος της ελεύθερης επιστημονικής έρευνας. Το χειρότερο είναι ότι οι προσκεκλημένοι ερευνητές από το εξωτερικό έφυγαν με πολύ άσχημες εντυπώσεις από τη συμπεριφορά, όπως όντως είπαν, κάποιων φονταμενταλιστικών στοιχείων, τονίζοντας ότι στη Δύση ο διαχωρισμός Εκκλησίας - Κράτους αποτελεί μία προ πολλού πραγματικότητα. Μάλιστα, η Dr. Brigitte Taumbrum - Krasker ετόνισε ότι ο διαχωρισμός αυτός στη Γαλλία ισχύει από το 1905 και συμφώνησε με την αντιθετική διαφοροποίηση της Επιστήμης και της Ελευθερίας (που προτείνει ο Ελληνισμός) από την Θεοκρατία και τον Δογματισμό (που επέβαλε ο Χριστιανισμός), όπως την εισηγήθηκαν οι κ.κ. Μήτσιου και Κατσαρός. Ανάλογη ήταν και η θέση των άλλων ευρωπαίων επιστημόνων.