Guinea Ecuatorial y el Sahara Occidental han sufrido evoluciones muy dispares en los últimos tiempos,pero hay un factor que determinó el devenir de ambos países: la obstinación del gobierno español por bloquear su proceso de autodeterminación. En 1960, cuando Gran Bretaña y Francia ya habían procedido a conceder la independencia a la mayor parte de sus posesiones, el gobierno español decidió clasificar sus cuatro colonias (Ifni, Sahara, Fernando Poo y Río Muni) como "provincias". Esta medida, denominada "provincialización" estaba destinada a argumentar que los territorios africanos eran tan españoles como los peninsulares y que, por tanto, no se podía hablar de ninguna especificidad, y no había ninguna reivindicación que ejercer.A pesar de las presiones de la ONU a favor de la descolonización,la Presidencia del Gobierno, integrado por el núcleo duro de militares africanistas (dirigidos por Carrero Blanco), se negó a aceptar las recomendaciones de la comunidad internacional. 

 Solo en 1967, se reconoció la necesidad de descolonizar la Guinea Española, y se procedió a pactar la independencia de manera apresurada. Tanto por parte española como por parte guineana, se consideraba accesorio el determinar el tipo de régimen que debía aplicarse en el nuevo país, y las negociaciones se centraron, únicamente, en la retirada de la administración española. De esta forma, el país accedió a la independencia en octubre de 1968 sin que hubieran unas instituciones políticas locales consolidadas; la Constitución fue redactada a toda velocidad y obtuvo escaso consenso; y los partidos fueron legalizados a última hora, sin dejar tiempo para que se estabilizaran. A lo largo de la Conferencia Constitucional, celebrada en verano de 1968 se puso de manifiesto el caos que imperaba en la política guineana: el transfuguismo destruyó los partidos, los conflictos por el liderazgo fueron constantes, y la confusión sobre las negociaciones fue absoluto. En la Conferencia, a la que acudieron representantes de las fuerzas políticas y personajes independientes, se fueron perfilando cuatro bloques:

- El partido proespañol MUNGE, dirigido por Bonifacio Ondó Edu, que proponía una estrecha asociación con España. Estaba apoyado por la Iglesia, por los colonos, y por parte de los políticos de Presidencia.

 - Los anticolonialistas históricos, encabezados por Atanasio Ndongo, que proponían mantener vínculos económicos con España sin caer en la dependencia. Tenían el apoyo del Ministerio de Asuntos Exteriores y del Departamento de Estado estadounidense.

- El grupo antiespañol, denominado "Secretariado Conjunto", encabezado por Francisco Macías. Aunque la mayoría de sus miembros jamás habían formado parte de los partidos independentistas, su discurso era muy hostil a España. Fueron financiados por el notario García-Trevijano. 

- Unión Bubi: partido nacionalista bubi liderado por Edmundo Bosío que pedía la independencia separada de la isla. Era muy favorable al gobierno español, y tenía el apoyo de los colonos de la isla. Fue impulsado por gente próxima a Carrero Blanco.

 El proyecto de independencia separada fue el eje de las discusiones. Los políticos continentales se negaron a aceptar la autodeterminación de la parte más rica del país. Por otra parte, la ONU y la OUA temían que fuera una maniobra neocolonial que pudiera desembocar en una tragedia (como la que sacudía Biafra en aquel momento). Finalmente, pese a las reticencias de la mayor parte de los bubis, se acordó que se concedería una independencia unitaria, aunque se garantizó a la minoría bubi ciertas cuotas de poder, y una amplia autonomía a la isla.

 A lo largo de 1968 en Guinea se gozó de una relativa libertad: la represión disminuyó y se hizo publicidad electoral de las diferentes formaciones políticas en los medios de comunicación (algo impensable en la España de la época). Las elecciones presidenciales se celebraron mediante un sistema de dos vueltas poco antes de la independencia. En la primera vuelta, Atanasio Ndongo y Edmundo Bosío fueron derrotados, y Macías y Ondo Edu continuaron la contienda electoral. Los dos perdedores animaron a sus seguidores a votar a Macías, y éste consiguió hacerse con la presidencia del país.

 El 12 de octubre, Guinea Ecuatorial obtuvo su independencia. A partir de este momento aparecerían múltiples conflictos bilaterales. En el mismo día en que el país alcanzaba su soberanía hubo un motín antiblanco en Bata, que fue severamente reprimido por la Guardia Civil y por la Infantería de Marina española. Con el tiempo, las tensiones con España no harían sino agudizarse. Los funcionarios españoles destinados a Guinea para garantizar la continuidad de la administración, boicoteaban abiertamente las disposiciones del gobierno guineano, como también lo hacía la Guardia Civil (estacionada temporalmente en el territorio). Macías no podía imponer sus decisiones pues eran saboteadas por los españoles que ocupaban los puestos claves de la función pública y de la economía privada. La banca tampoco obedecía las consignas del ejecutivo, y fomentó la evasión de capitales.

 No obstante, también cabe destacar que la gestión del nuevo gobierno fue caótica: era manifiesta la falta de formación de algunos ministros (entre los cuales el de Economía) , y debe señalarse que se agudizaron las prácticas clientelistas y nepóticas ya ejercitadas por el gobierno áutónomo entre 1964 y 1968. El número de funcionarios creció espectacularmente, y las arcas del Tesoro Público se vaciaron en pocos meses. Por otra parte, desde su llegada al poder, Macías mostró rasgos de autoritarismo: la Constitución jamás entró en vigor, y el parlamento no tenía ningún poder real. Ondó Edu, que se había refugiado en Gabón, fue extraditado y encarcelado. Moriría meses después.

 En marzo de 1969, Macías anunció que había dominado un intento de golpe de estado encabezado por Atanasio Ndongo (las versiones varían: aunque algunos autores aseguran que jamás hubo ningún putsch, otros afirman que la intentona se produjo). El presidente guineano aprovechó este pretexto para acabar con toda la oposición e instaurar la dictadura. Ndongo fue asesinado, y muchos de sus seguidores morirían o serían arrestados.

 El fallido golpe generó una ola de indignación popular anti española (estimulada por el gobierno), y los españoles residentes en el país se sintieron amenazados. Una operación combinada de la Guardia Civil y  de la Armada española permitió la repatriación de miles de españoles a lo largo de los primeros días de abril de 1969. Tampoco los otros blancos se sintieron seguros, y numerosos ciudadanos europeos y americanos abandonaron el país.

 A partir de este momento, en Guinea se instauró una de las dictaduras más brutales del planeta, sólo comparable a las de Bokassa o Pol Pot. Los miembros del gobierno y de la milicia macista se dedicaban a todo tipo de excesos: se ejecutaba sumariamente, se torturaba sangrientamente, se violaba, se robaba, se expropiaba... No había ni libertad religiosa, ni libertad de opinión... Pero no solo se perseguía por motivos políticos: se podía ser víctima del terror macista por celos, por envidia, por venganza personal, por diversión... Las principales víctimas de la represión macista fueron los guineanos occidentalizados (aquellos que gozaban de ciertos estudios o que habían colaborado con el sector productivo colonial). Macías y sus acólitos, que carecían de formación, temían ser desplazados por los intelectuales, y procedieron a aniquilarlos. Aquellos que escaparon a las prisiones guineanas, tomaron el camino del exilio; de esta forma, la administración guineana quedó en mano de personal absolutamente incapaz de gestionar un estado moderno.

 Las represión macista condujo el país a la ruina. No solo marcharon los inversores europeos, sino también los técnicos locales y extranjeros. Aunque los técnicos fueron progresivamente sustituidos por cooperantes internacionales (de la UNESCO, de la OUA, de Cuba, de la URSS...), los abusos que sufrían provocó su progresiva retirada. Igualmente abandonaron el país los 30.000 braceros nigerianos que, durante la colonia, garantizaban el cultivo del cacao (principal producción del país). 15.000 huyeron entre 1969 y 1976; los otros 15.000 fueron repatriados por los buques de guerra nigerianos en 1976.La retirada de los braceros extranjeros fue parcialmente compensada con la aplicación de trabajos forzados entre la población ecuatoguineana.

 El control policial implicó el bloqueo del comercio, ya que se limitaba el desplazamiento de personas mediante severas barreras policiales en las carreteras. Buena parte de la población ecuatoguineana debió volver a practicar una economía de autosubsistencia, pero el gobierno incluso ponía impedimentos a este tipo de actividades, ya que prohibió los rifles de caza, y confiscó las barcas de pesca para evitar huídas.

 Macías elaboró un discurso con fuertes elementos socialistas centrado en la lucha contra el neocolonialismo. Pero en realidad, su gobierno jamás fue comunista: no colectivizó la economía (sólo expropió los bienes de los españoles huídos), y siempre permitió que los sectores clave de la economía fuesen gestionados por empresas privadas pertenecientes a sus simpatizantes (guineanos y españoles). La retórica "tercermundista" y "comunista" iba destinada a encuadrar la población en un partido único mediante métodos estalinistas, y a mejorar las relaciones con los países socialistas y No Alineados. Gracias a este tipo de discurso, Macías logró el apoyó de la URSS, de Cuba y de China (fue el único líder africano que gozó simultáneamente de las simpatías chinas y soviéticas).No obstante, siguió manteniendo relaciones con los países de Occidente, con quien tenía sus mayores vínculos comerciales. Siguió comerciando con Estados Unidos y con Francia y, pese a la inflamada retórica antihispana, siguió estrechando sus contactos con España. España siempre fue el primer cliente comercial de Guinea, y se firmaron múltiples tratados de cooperación en distintos ámbitos.