O diretor assistente Skinner é o chefe de Mulder e Scully. Ele está sempre dividido entre ajudar seus agentes ou seguir o protocolo do FBI. Em alguns episódios, ele mostrou estar ao lado de Mulder e Scully, e, em outros, do canceroso. No 6º ano, introduziram um tipo de doença no Skinner. Ele quase morreu, mas Alex Krycek tinha o controle dessa doença, e seu objetivo era mostra ao Skinner o que poderia fazer com ele, e assim, chantageá-lo. Skinner foi obrigado a trair Mulder e Scully. Desde que Mulder desapareceu, no entanto, ele (Skinner) e Scully estavam aliados completamente, na busca pelo Mulder e mais tarde na proteção do bebê de Scully.

Walter Skinner é ex-fuzileiro naval. Embora Skinner tenha uma vez fechado a seção dos Arquivos X por causa de "ordens de cima", ele mesmo mais tarde ordenou que o Arquivo X fosse reaberto, por sua própria autoridade e iniciativa.

Em "Por Um Fio", ele recusou-se a aceitar o pedido de demissão de Mulder, contando a ele uma experiência fora do corpo que tivera durante a época em que havia servido no Vietnã. "Tenho medo de olhar além daquela experiência, agente Mulder. Você... você não tem. Sua demissão é inaceitável".

"I´ll be asked what I saw. And what I saw I can´t deny."