เรือนจำพิเศษกรุงเทพมหานคร   ได้ตั้งขึ้นที่บริเวณ ณ ตำบลตรอกคำ  ถนนมหาไชย  ตั้แต่ปี  2433  ในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจุลจอม

เกล้าเจ้าอยู่หัว  รัชการที่ 5 แต่เดิมมีชื่อว่า  "เรือนจำกองมหันตโทษ"  ต่อมา

ต่อมาได้มีการเปลี่ยนแปลง ชื่อเรียก เป็น "เรือนจำกลางคลองเปรม (ลหุโทษ)"  เมื่อปี พ.ศ. 2513 ได้มีการแยกเรือนจำนักโทษเด็ดขาด  ไปตั้งอยู่แขวงลาดยาว  ถนนงามวงศ์วาน  เรียกชื่อว่า "เรือนจำกลางคลองเปรม" จึงเปลี่ยนชื่อเรียกเรือนจำที่ตั้งอยู่เดิมว่า "เรือนจำนครหลวงกรุงเทพ-ธนบุรี" ปี พ.ศ. 2516 ได้มีการปรับปรุงการแบ่งส่วนราชการกรมราชทัณฑ์  ได้กำหนดชื่อเรียกเรือนจำแห่งนี้ว่า "เรือนจำพิเศษกรุงเทพ-ธนบุรี"  ต่อมาเมื่อไดมีการรวมจังหวัดกรุงเทพกับจังหวัดธนบุรีเข้าด้วยกัน  ได้มีการเปลี่ยนชื่อ เรือนจำอีกครั้งว่า "เรือนจำพิเศษกรุงเทพมหานคร"

จนกระทั่งปี พ.ศ. 2534 กระทรวงมหาดไทย  ได้มีคำสั่งให้ย้ายเรือนจำ

พิเศษกรุงเทพมหานครแห่นี้ ออกไปจากบริเวณ  ตำบลตรอกคำ ถนนมหาไชย  เพื่อจะใช้สถานที่จัดสร้างสวนสาธารณะ   ถวายสมเด็จ

พระนางเจ้าพระบรมพระบรมราชินีนาถ ในวโรกาสที่มีพระชนมายุครบ 60 พรรษา 

        เรือนจำพิเศษกรุงเทพมหานคร  จึงต้องย้ายมาอยู่ที่ทัณฑ์สถานวัย

หนุ่มบางเขน  ณ ที่ปัจจุบันนี้  โดยย้ายทัณฑสถานวัยหนุ่มบางเขน  ไปจัดตั้งที่จังหวัดประทุมธานี  ในการย้ายมาอยู่สถานแห่งนี้  ได้มีการต่อ

เติมเพิ่มแดนให้มีพื้นที่ในการควบคุมผู้ต้องขังมากขึ้นกว่าเดิมอีกด้วย