El hecho de haber sido colonia penitenciaria ha dejado su marca en el suelo de la isla, particularmente en zonas aledañas al campamento, en donde se han realizado explotaciones madereras y agrícolas. No obstante, el bosque primario cubre màs del 85% de la superficie del parque y no ha sido alterado.
En Coiba existen dos formaciones diferentes de bosque tropical. El primero de ellos es el bosque húmedo tropical, el cual cubre la mayor parte de las islas, y ocupa la mayorìa de las tierras bajas. Se caracteriza por presentar el dosel arbóreo a una altura de más de 30 metros con grandes àrboles emergentes de hasta 50 metros de alto y màs de un metro de diàmetro.
Desde el punto de vista de la diversidad biològica, tienen especial relevancia dos formaciones ligadas al agua: los cativales y los manglares. Los cativales alcornocales son formaciones arbóreas sobre suelo encharcado con agua dulce. Las formaciones de cativo tienen buen desarrollo. Son àrboles enormes cubiertos por toda suerte de epífitos. Predominan cativos y nazarenos. Como están en tierras bajas y encharcadas, entran en comunicación con los manglares. El puente comunicante está a cargo de los alcornocales.
Los manglares presentan formaciones leñosas sobre suelo encharcado de agua salobre. Su capacidad productiva es extraordinaria. Albergan una riquísima y especializada fauna acuática. En Coiba, los manglares ocupan una franja costera más o menos extensa en la desembocadura de los ríos mayores. Dejando al margen pequeñas formaciones de mangle rojo, o el mangle botón, se pueden contabilizar hasta siete grandes manglares: Punta Gambute, Río Santa Cruz, Río Joro, Río Barco Quebrado, Río Amarillo, Estero de Boca Grande y Río San Juan, sumando en total 1.758 hectáreas. Por lo menos hay otra dos especies de mangle: mangle piñuelo y mangle blanco.
El mangle colorado tiene una curiosidad biológica: la planta es vivípara, es decir, la semilla germina sobre la planta madre y desarrolla una poderosa y afilada raíz aérea que apunta hacia el suelo. Cuando la plántula se hace demasiado pesada, cae y se clava en el suelo, evitando así ser desprendida sobre el oleaje.
Coiba es uno de los pocos lugares del Pacífico centroamericano que todavía tiene grandes extensiones de bosques, los cuales deben protegerse y estudiarse. Su carácter de isla alejada de la costa de tierra firme, y la escasa vegetación de las áreas circundantes, la hacen aún más interesante.
