Hans rapporter till kyrkan resulterade i en missions- och läkarstation i Northern Territory. Där verkade John Flynn i hela 39 år med att på olika sätt bistå folket och även kringresande präster.

Efter att i åratal ha upplevt alla de svårigheter och problem som följer med att leva avlägset och isolerat fick John Flynn den lysande idén att skapa en flygande hjälpverksamhet. Så skedde: 1928 startades the Australian Inland Mission Aerial Medical Service, vilket utvecklades till the Royal Flying Doctor Service. Genom TV-serien 'Doktorn kan komma' har de flygande läkarna på senare tid blivit kända över större delen av världen.

Man opererade från basen i Cloncurry, Queensland, och kommunicerade med hjälp av fotdrivna radiomottagare utplacerade på gårdarna. Dessa mottagare uppfanns och konstruerades av en medarbetare till Flynn, Albert Traeger. De användes under andra världskriget och så sent som 1970 levererades mottagare till the Flying Doctors av Traegers firma

The Flying Doctor Service finns numera i flera stater och finansieras av federationen, den enskilda staten och privata donationer.

I linje med denna verksamhet startades School of the Air 1951. Eleverna får sin undervisning genom daglig radiokontakt med lärarna, kombinerat med korrespondens och enstaka sammanträffanden.

School of the Air ger många barn möjlighet att stanna hemma medan de är små i stället för att tvingas bo på något internat långt borta från föräldrarna. Denna skolform kommer troligen att utvecklas snabbt i takt med elektronikens frammarsch.