Στη λίμνη υπάρχουν πολλά είδη ψαριών όπως μουρμουρίτσες, τσιρώνια, μαυρόψαρα, πετρόψαρα, φιδόψαρα, μουρούνες, χέλια κλπ Στην περιοχή υπάρχουν επίσης νεροχελώνες, νερόφιδα, οχιές, σαϊτες, σαύρες.
Η Βιστονίδα είναι ένας από τους σημαντικότερους βιότοπους των πουλιών στην Ελλάδα. Στους καλαμιώνες της λίμνης φωλιάζουν σπάνια είδη όπως ο Πορφυροτσικνιάς, ο Νυκτοκόρακας, ο Μικροτσικνιάς και ο Καλαμόκιρκος.
Στις Αλυκές του Πόρτο Λάγος φωλιάζουν ο Καλαμοκανάς, η Αγκαθοκαλημάνα, ο μαυροκέφαλος γλάρος και η Αβοκέτα. Δυτικά του Πόρτο Λάγος συναντάμε είδη όπως ο Στρειδοφάγος, ο Θαλασσοσφυριχτής και η Πετροτριλίδα. Το μικρό άλσος στο λιμάνι του Πόρτο Λάγος αποτελεί καταφύγιο ερωδιών (Σταχτοτσικνιάς και Λευκοτσικνιάς). Στο βόρειο τμήμα της λίμνης αφθονούν τα αρπακτικά πτηνά, όπως Σταυραετός, Χρυσαετός, Κραυγαετός, Πετρίτης, Δενδρογέρακας. Από το 1983 εμφανίστηκαν στη λίμνη και τα Φοινικόπτερα (Φλαμίνγκος), των οποίων ο αριθμός έχει αυξηθεί. Κατά τους χειμερινούς μήνες στη λίμνη ξεχειμωνιάζουν χήνες και αρκετά είδη από πάπιες (Κυνηγόπαπια, Χουλιαρόπαπια, Βαρβάρα, Πρασινοκέφαλη κλπ)
