Avec l’aide d’un appareil que Walter lui a prêté, Nikita pénètre dans son profile personnel de la Section et découvre des indices sur son recrutement dans la Section. Un mystérieux " M " et la possibilité de connaître l’identité de son père. Pendant ce temps, Quinn combine l’intelligence artificielle de Birkoff avec le profile de Madeline et crée un holograme de Madeline. Au début, l’IA semble être une réplique exacte et Opération devient obsédé d’avoir à nouveau Madeline à ses côtés. Ce qu’il ne voit pas c’est que l’IA de Madeline nuit à la section et à leur abilité de détruire La Collective, l’agence terroriste la plus menance que l’Ouest n’est connue. C’est maintenant à Nikita d’arrêter Opération avant que l’existence de la Section ne soit menacée.

À peine un an après que Michael est déprogrammé Nikita de son lavage de cerveau par le procédé de Gelman, soudainement elle commence à souffrir des effets secondaires. Ces effets mettent en danger non seulement Nikita mais la mission de capturer les top scientifiques de La Collective. O’Brien couvre Nikita sachant très bien qu’Opération ne cherche qu’une excuse pour l’éliminer, il s’allie à Walter pour aider Nikita à trouver un remède. Malheureusement, le seul moyen de trouver le remède est un morceau de tissu d’Adrian (dont seul Michael connaissait l’endroit). C’est avec chance qu’une disquette contenant l’adresse où se trouve Adrian est découverte dans une maison et que tout cela indique que Michael, même s’il n’est plus dans la Section, protège Nikita. Le temps s’écoule et si le procédé n’est pas remis à zéro, Nikita peut en mourir.

L’information de la Section révèle que Massima Valenti, un des distributeurs principaux du Collectif planifie d’acquérir et de revendre des fusée remplie d’Anthrax. Pour empêcher cette transaction, la Section demande à M. Jones de reprendre son personnage de Mick Schtoppel puisque Valenti connaissait bien Schtoppel. Cette mission pourrait être très dangereuse pour M. Jones puisque ce dernier sera hors de la protection du Centre. Nikita en profite alors pour forcer M. Jones à lui révéler pourquoi elle a été recrutée dans la Section il y a sept ans déjà. À son horreur, Nikita découvre des choses encore plus choquantes qu’elle ne l’avait imaginé!

Après une recherche qui lui a coûté presque sa vie, Nikita rencontre finallement son père = le vrai chef du Centre et le vrai M. Jones. À son grand chagrin, ce dernier refuse de lui répondre à ses questions sur son recrutement dans la section et même, il l’envoie en mission pour récupérer le disque d’un ordinateur destiné au groupe Du Collectif. Elle retrouve ce disque et cela ne fait que confirmé que la section à un traître du groupe Collectif à son bord. L’évidence pointe vers Opération ou O’Brien et M. Jones demande à Nikita de trouver qui est le traître. La recherche de Nikita démontre que ni Opération ni O’Brien ne sont les traître – la seule option qui reste c’est que l’agent qui était le traître ne travaille plus pour la Section – Michael.

Opération a toujours perçu la relation entre Nikita et M. Jones comme une menace à son autorité alors il décide de remédier à la situation. Il envoi Nikita sur une mission de retrouver un disque dure contenant les futurs plans du Collectif mais il oubli une chose, de lui fournir un plan de retraite en cas de fuite… il espère qu’elle sera tuée. Nikita réussit à survivre la mission et lorsqu’elle luit dit qu’elle dénoncera à M. Jones qu’il a essayé de la faire tuer, Opérations lui révèle qu’il a la preuve qu’elle a aidé Michael à s’échapper de la Section Un. Ce qui veut dire que si Michael est vraiment le traître alors Nikita en l’aidant à s’enfuir a contribué à l’échec du contrôle du Collectif. Si M. Jones découvre cela, ce sera la fin de Nikita dans la Section. Lorsque l’avion avec Opération à son bord est tiré dans les airs, Nikita et M. Jones doivent le retrouver avant le groupe du Collectif.

Lorsque le Collectif kidnappe Adam, le fils de Michael pour forcer ce dernier à livrer M. Jones, Opération risque sa propre vie pour empêcher le tout.

Nikita doit prendre une décision grave concernant son futur.