Avec l’aide de Michael, Nikita a survécue à la destruction de l’endroit secret de la "Ligue Liberté" dans le dernier épisode de la première saison. Depuis, elle est en fuite de la Section un. Pendant qu’elle travaille en tant que serveuse, Nikita est capturée par des agents de la Ligue Liberté et est utilisée comme appât pour une revenge contre la Section un. Lorsque la Section Un envahit l’endroit où elle se trouve, elle s’échappe et réussie à sauver la vie de Michael et plus tard sur un bâteau abandonné, elle et Michael passeront une nuit de passion, leur première. Pourtant, leurs cachoteries et leurs mensonges en ce qui a trait à Nikita sont sur le point d’être découverts.
"SPEC OPS"
Nikita est réassigné à l’agent spécial Jurgen pour refaire son entraînement suite à sa capture par la Ligue Liberté. Lorsque la Section est contacté par Kudrin, un agent de la Ligue Liberté qui pourrait vérifier l’histoire de Nikita, la Section veut le capturer pour le questionner. Pour l’empêcher de parler et de dire la vérité, Michael essaie de le tuer durant une des missions, mais il échoue et Kudrin survie. Madeline et Jurgen sont à découvrir les mensonges de Michael et Nikita.
TRIO
Birkoff découvre qu’une série d’activités terroristes qui semblent banales sont perpétrées par un groupe de mercenaires que la Section surnomme Hélix. Jurgen aide Nikita à revenir à pleine capacité en préparation de l’attaque de Section Un contre Hélix mais Michael est préoccupé par la relation qui se développe entre Nikita et Jurgen. Convaincu que Jurgen manipule Nikita pour l’exposée, Michael et Jurgen en viennent aux coups.
LE POINT ZÉRO La liberté de Jurgen à même la Section fascine Nikita et elle continue à passer de plus en plus de temps avec lui malgré le fait que Michael n’est pas d’accord. Michael avertie Nikita que Jurgen n’est pas qui il semble mais Nikita ignore les avertissements de Michael et Jurgen et elle deviennent de plus en plus familier. Malheureusement, Nikita deviendra un pion innocent dans la conquête du pouvoir entre Jurgen et la Section ce qui pourrait amener des conséquences mortelles pour Jurgen… et Nikita.
NOUVEAU RÉGIME ("New Regime") Un agent de la Section devient fou et tire Opération durant une séance. Pendant qu’Opération est sur le point de mourir aux soins intensifs, Egran Petrosian – un agent secret qui a été réintégrer à la Section – prend le pouvoir et donne une promotion à Nikita qui devient la seconde en commandement. Malgré les avertissements de Madeline, Nikita croit que Petrosian est le meilleur homme pour contrôler la Section à cause de son approche directe. Mais lorsque Petrosian demande à Nikita de tuer Opération, le future de la Section est entre ses mains…
"MANDATORY REFUSAL" Michael est envoyé pour assassiner un revendeur d’armes, la mission est compromise et Michael doit aller en " refus mandatoire " - une situation où il doit briser tous les ponts de communications avec la Section et compléter la mission à tout coût. Malheureusement, le revendeur d’armes a kidnappé Madeline et Opérations croit que le meilleur moyen de la protéger est de tuer Michael s’il le faut. Par chance, Nikita a d’autres plans.
"HALF LIFE" La Section Un essaie d’arrêter une alerte à la bombe dans une cour d’école et Nikita s’apperçoit que Michael connaît plus de chose sur la nature de la bombe qu’il ne devrait. Lorsque Nikita le questionne, il lui dit qu’il n’en est pas ainsi mais Nikita sait qu’il ment. Le jour suivant, elle le suit et découvre qu’il rencontre celui qui a mit la bombe. Michael et cet homme, René, étaient des étudiants rebels mélangés à des activités terroristes dans les années 80 et voici qu’ils se rencontrent une fois encore. Lorsque Opération demande à Michael de trahir son ami, Michael est divisé.
"DARKNESS VISIBLE" Nikita et Michael sont envoyés dans les Baltiques pour assassiner Radovan Luka, un revendeur d’armes pour les rebels qui font une campagne de "nettoyage" ethnique. Lorsque Nikita et Michael arrivent dans le pays, ils découvrent deux jeunes enfants et Nikita force Michael à les protéger. Pourtant, la sécurité des enfants distraie Nikita de sa chance de tuer Luka et maintenant, Nikita et Michael doivent risquer leurs vies en infiltrant un camp de mort pour le tuer.
COEUR OUVERT ("Open Heart") Le groupe Red Cell a crée une bombe humaine à retardement. Dans le but de découvrir l’identité de la personne et de son but, Nikita doit capturer un des agents de Red Cell, qui est présentement en prison pour des charges de drogues. Nikita est envoyée dans ce pays pour se faire arrêter et amener à cette même prison. Par le fait même, Nikita doit s’assurer de l’amitié de Jenna mais elle doit aussi la trahir et Nikita est forcée de s’échapper de la prison avec cette dernière et tout cela pour que la Section capture Jenna pour l’interroger.
PREMIÈRE MISSION (" First Mission ") Parce qu’il y a un manque d’agents, Nikita a une promotion en tant que Chef de mission 3 ans avant son temps. Elle est maintenant responsable de tous les aspect d’une mission : choisir ses agents, la planification et le succès de l’exécution. Son but est de capturer un vendeur de rebuts de gaz nucléair mais les détails sont pauvres et la mission est plus dangereuse que d’habitude. Pour rendre le tout plus difficile, une des agents de l’équipe de Nikita, Vizcano, est dérangeante et n’écoute pas les ordres. Nikita doit trouver un moyen de la remettre à l’ordre ou risquer de rater sa mission.
"PSYCHIC PILGRIM" La Section croit que le chef d’un groupe terroriste donne des ordres via son avocat, Armel, pour une attaque éminante. Nikita et Michael se font passés pour un couple marié pour déjouer le jeu d’Armel pour que ce dernier croit que Nikita est une " psychique " retirée. Convaincu, Armel kidnappe Nikita et la force à prendre contacte avec son fil, qui est décédé dans un accident de la route. En même temps, Nikita découvre à son horreur, que le fils d’Armel est bel et bien vivant et est retenu prisonnier par la Section.
"SOUL SACRIFICE" Nikita devient amie avec une agente de longue date de la Section, Terry, qui rate une de ses missions et se confie à Nikita qu’elle est enceinte et c'est pourquoi la mission n'a pas marché. Mais lorsque Terry, Michael et Nikita sont assignés pour capturer un agent NSA, Terry trahi la mission pour s’échapper de la Section et avoir son bébé à l’extérieur. Maintenant, Nikita doit choisir entre la Section et protéger Terry et son bébé.
"FUZZY LOGIC " Birkoff découvre qu’un groupe de terroriste utilise un code pour se créer un chemin dans le satellite du département de la défense et faire des attaques non repérées. Le code doit être brisé pour arrêter les prochaines attaques mais le NSA et Birkoff sont incapables de le décoder. La Section kidnappe alors un jeune et brillant mathématicien pour résoudre ce problème mais sa nature rebelle posera des problèmes à la Section et par la suite, à sa propre sécurité.
"OLD HABITS" La Section doit arrêter un groupe de terroriste "Brigth Star" de faire d’autres attentats de bombes suicides. Parce que ces bombes sont crées avec des mines, la vraie location de Brigth Star est difficile à déterminer. Nikita est assignée à trouver l’information par Formitz, qui est responsable de la création de tout les faux documents pour Bright Star. Mais lorsque Nikita découvre que Formitz est un tueur à série, qui se spécialise dans les meurtres brutaux de prostituées, son désir de revenge pourra l’empêcher de faire sa mission et pourrait mettre la vie de plusieurs en danger.
"INSIDE OUT " Un virus meurtrier est relâché par accident dans la Section Un. La Section envoie une équipe pour neutraliser un poste de Red Cell en Écosse mais lorsqu’ils arrivent, l’endroit est abandonné. Michael et Nikita continue leur surveillance pendant que Mowen, un agent de la section, prend des échantillons et revient à la Section. Peu après, Mowen devient mortellement malade avec une maladie bizarre. Opération réalise alors que la mission était un piège, désigné à empoisonner par un virus toute la Section et contaminer tous ses occupants. Maintenant, Michael et Nikita doivent choisir entre trouver l’antibiotique et sauver la Section ou la possibilité d'être libre à tout jamais.
"NOT WAS " Après avoir été capturé et interrogé par des terroristes, Michael perd la mémoire ce qui le met à risque d’être cancellé par la Section. Après une attaque sur un club, Michael est capturé à nouveau et interrogé par un agent de Red Cell, Orlando Perez. Sur une deuxième mission pour récupérer Perez, Nikita libère Michael mais il ne peut se rappeller qui il est ou pourquoi il fait partie de la Section. Nikita couvre Michael sachant très bien qu’il serait cancellé immédiatement si Opération découvrait la vérité. Le travail de Nikita est rendu difficile par le fait que Michael, qui n’est pas lui même, est très émotif et très honnête envers elle avec ses sentiments.
"DOUBLE DATE" Michael et Nikita sont forcés d’aller en mission avec un ancien terroriste qui, à leur grande surprise, travaille maintenant pour la Section. La saison dernière, Michael et Nikita avait capturé ce tueur/terroriste qu’est David Fanning avec l’aide de sa femme, Lisa. Maintenant, la Section utilise Fanning pour éliminer un terroriste encore plus dangereux et Michael et Nikita doivent participer à une mission avec lui. Par contre, la mission vire mal lorsque Fanning prend Nikita en hotage et demande à Michael de lui ramener Lisa. Michael doit retrouver la jeune femme qu’il a utilisé et à laquelle il a menti dans les prochaines 48 heures sinon Nikita sera tuée.
"OFF PROFILE" Lorsque Michael fait les beaux yeux à la nouvelle "profiler" de la Section, cela cause des tensions entre Michael et Nikita et entraînera des répercussions dans une mission dangereuse. Andrea, une jeune et arrogante "profiler" est intégrée à la Section et Michael réussi à la charmer et à lui faire la romance. Cette action rendra Nikita insécure et lui fera perdre sa concentration ce qui mettera presque en périle la mission d’arrêter le propriétaire d’un laboratoire qui crée des virus mortels. Lorsque Andrea découvre que Michael l’a utilisé pour des fins d’évaluation de sa loyauté envers la Section, elle jure revenge. Nikita refuse de l’aider et mets en danger la vie de Michael et la sienne lors de la prochaine mission.
"LAST NIGHT" La Section capture le chef d’une organisation terroriste – un ordinateur sophistiqué capable de pensé par lui-même. À n’importe quel moment lorsque la Section fait une mission de sécurité dans le monde, quelques heures plus tard des terroristes attaquent cet endroit. Opération pense qu’il y aurait un traître à même la Section, il ordonne plusieurs attaques pour se rendre à l’évidence que le "chef" n’est autre qu’un ordinateur. Ce dernier, capable de "parler" est interrogé par Madeline qui croit qu’il n’est capable que de logique pure et n’a pas d’intuition. Par contre, lorsque Madeline et Opération quittent la section ensemble, l’ordinateur a des plans bien précis pour eux et c’est Michael qui devra assumer la direction de la Section en leur absence.
"IN BETWEEN " Le confident d’un terroriste se trouve être un ancien agent de la Section que tous pensaient mort. Lorsque la Section Un découvre un plan élaboré pour une attaque sur des civiles, Michael et Nikita se font passés pour des moneyeurs d’argent dans le but d’arrêter ce complot. Par contre, l’assistant de cet homme, Giraldi, se dit être un agent de la Section qui a été laissé pour compte il y a plus de 9 ans et veut revenir pour être réintégré à la Section. Lorsque Nikita en informe Opération il lui dit d’ignorer la demande de cet homme mais lorsque Madeline l’apprend, elle insiste que Nikita le ramène. Maintenant, Nikita est prise entre obéir à Opération ou à Madeline et c’est la vie d’un homme qui est en jeu.
"ADRIAN’S GARDEN" partie 1 et partie 2 La fondatrice de la Section Un kidnappe Nikita et la recrute pour la mission finale, détruire la Section Un une fois pour toute.
