Nikita, une fille qui vivait dans la rue, est condamné à la vie ne prison pour un meutre qu'elle n'a pas commis. Lorsque le gouvernement fait à croire à son suicide, Nikita se réveille dans Section Un, une agence top-secrète qui veut l'entraîner comme une agence anti-terroriste -- elle doit se soumettre à cette nouvelle vie pour pouvoir rester en vie.
La Section Un est appelée à protéger Jovan Mijovich, un politicien qui essaie de négocier la paix parmis des forces opposées dans le monde. Lorsque Nikita rencontre un contact pour savoir qui veut assassiner Mijovich, elle est reconnue par une amie d'enfance, Julie. Nikita va essayer de la protéger en lui donnant une nouvelle identité mais Julie fait partie de la gang qui essaie d'assassiner Mijovich.
Glass Curtain est un organisme terroriste haut de gamme qui attire de nouveaux membres via l'Internet et les "chats". Nikita se fait passer pour une nouvelle recrue, elle est amené au central de Glass Curtain où elle découvre à son grand étonnement que Simone, la femme de Michael est détenue en hotage depuis plusieurs années... Simone, une ancienne agente de Section, est censé avoir été tué il y a déjà 3 ans... Lorsque Michael découvre qu'elle est toujours en vie, son amour pour Simone mettera en jeu l'infiltration par la Section de Grass Curtain.
Nikita est désignée pour se rapprocher d'un moneyeur d'argent pour lui soutirer des dossiers informatiques. Lorsqu'elle apprend que ce dernier fait beaucoup de bien pour des oeuvres de charité diverses, elle commence à tomber en amour avec lui... Mais, lorsque Section Un lui annonce que les refuges pour jeunes troublés sont un "front" pour de l'esclavage, Nikita est divisée par sa loyauté.
Un objet nucléair est volé par un couple terroriste responsable de la mort d'une équipe d'agents de la Section Un. La dernière chance pour retracer cet objet c'est Nikita qui doit se faire passer en tant que la fille du couple. La mère deviendra vite attachée à sa "fille" et de même, Nikita développera des sentiments envers sa "mère".
Lorsqu'un contrebandier international vole une canette contenant un gas mortel, Nikita et Michael doivent passer pour un couple de mercenaire marié pour pouvoir infiltrer son organisation. Lorsque le contenant de gas mortel est découvert relié à une bombe dans une gare remplie de personnes innocentes, Nikita met sa vie en danger pour démonter la bombe.
La Section 1 est désigné par la CIA pour déporter Suba, un contact anti-terroriste qui fait la contrebande d'uranium hors du pays pour son propre compte. La première tentative pour le capturé est un échec et Nikita en est tenue coupable. Après une plus longue enquête, Nikita découvre un traître dans la Section, mais il est manipulé par Suba qui tient son fils en otage. Nikita doit maintenant décider de se faire taper dessus par la Section en essayant de sauver le fils du traitre.
Un agent mystérieux de la Section offre à Nikita la possibilité de se sauver de la Section. Toute l'information qu'il lui fournit est véritable et Nikita débat sérieusement cette possibilité d'échapement. À ce même moment, Michael lui fait des avances romatiques et Nikita est divisée. Est-ce que la Section joue avec ses émotions où est-ce que la possibilité de s'échapper de la Section est une réalité?
La sécurité de l'ordinateur central de la Section est défoncé et le directoire de tous les agents est volé. Michael va à Prague pour le retracer mais l'homme qui l'a volé est tué par d'autres terroristes qui veulent eux aussi le directoire. Nikita est désigné pour se rapprocher de Gray Wellman, un architecte qui aurait en sa possession le directoire. Elle gagne ses affections et commence à tomber en amour avec lui ce qui pourrait mettre en danger la Section Un.
La CIA croit que quelqu'un de leur agence est responsable du massacre récent de dealers d'héroïne. La Section entre en jeu pour nettoyer la situation mais la relation de Nikita et de Gray Wellman met en doute ses réactions d'agente. Lorsque les activités de la Section atteigne une intensité, Nikita est incapable de balancer les deux volets de sa vie et est forcé de faire un choix entre Gray, le seul homme qu'elle a jamais aimé et la Section qui contrôle sa vie.
La Section 1 détruit avec succès une usine d'armes chimiques dans un ancien pays de la Russie... mais durant cette mission, Michael est blessé et abandonné par la section. Fuyant et blessé, il trouve refuge dans la maison d'une infirmière, Angie Georgiev. Pour sauver Michael, Nikita et Madeline se font passées pour des représentantes de cosmétiques. Une fois rendue là, Madeline feint une crise de coeur et est hospitalisé dans l'hôpital ou on pense que Michael aurait pu se réfugier. Lorsque la couverture de Madeline est découverte par un militaire à haut rang, Michael doit convaince Angie de tout risquer pour les sauver.
Un groupe de terroristes entre illégalement un objet nucléaire en Amérique du Nord pour le faire exploser dans une ville majeure. Le transfert de cet engin a été vue par Rudy, un livreur de pizza un peu simple d'esprit. La Section l'interroge pensant qu'il est dans la gang des terroristes mais Nikita croit que Rudy est innocent, qu'il était au mauvais endroit au mauvais moment. La Section veut quand le canceller -- à moins que Nikita prouve que sans l'aide de Rudy la bombe ne peut être désactivée.
Lorsque la Section 1 essaie de déjouer un voleur de contenant de cobalt 60, ils perdent le Cobalt mais font prisonnier un des terroristes les plus véroce, George Kessler. Pour retrouver le Cobalt 60, Madeline doit interroger Kessler qui déjoue la ruse de Madeline. Elle termine par avoir la main haute en le confrontant à sa fille mais lorsqu'il tue sa propre fille et s'échappe de la Section, Madeline doit mettre sa vie en jeu pour le confronter seul.
Nikita doit évaluer la performance de Karyn, qui arrive après une période d'entraînement de 2 ans. Lors d'une mission pour capturer un terroriste, Karyn tue son entraîneur de sang froid et ment par la suite pour se couvrir. Lorsque Nikita la confronte, Karyn confie que son entraîneur la violait à répétition. Ceci plus le fait que tous à la Section semblent bien aimé Karyn, rend la décision de Nikita très difficile. Mais, Nikita a des soupçons et essaie de découvrir la vraie nature de Karyn.
David Fanning and un des "hit man" le plus dangereux au monde mais la Section 1 est impuissante à l'arrêter. Fanning possède "un livre", une collection top-secrète d'informations qui pourraient être très néfastes aux pays de l'Ouest et si la Section essaie de faire du mal à Fanning, ce "livre" sera diffusé à tous. Alors, le seul moyen pour atteindre Fanning c'est par sa petite amie qui est elle-même abusée par Fanning. Nikita et Michael doivent utiliser n'importe quel moyen pour arriver à gagner sa confiance mais son émotivité instable pourrait tout gâcher.
Un membre d'une organisation criminelle qui vole de l'information classifiée pour la revendre au plus haut prix est nul autre que le fils d'Opération, Steven. La mission de Section 1 est d'enrayer ce groupe en plus d'un terroriste très dangereux qui veut acheter un produit de missile à coût réduit mais Opération demande à Nikita de sauver Steven à tout coup. Elle accepte seulement si Opérations la laissera quitter la Section pour de bon. Il accepte, mais Nikita lui dit qu'elle tuera son fils s'il ne tient pas son mot. Malheureusement pour Nikita, elle ne sait pas le vrai rôle de Michael pour cette mission.
Lors d'une mission impliquant des missiles Stinger, la minivan de la Section est compromise et Birkoff doit se défendre pour la première fois. À partir de ce moment, sa peur de se faire tuer le hantera dans les prochaines missions mettant en danger la vie des autres agents. Nikita essaiera de lui faire surmonter sa peur mais la Section pense même à canceller Birkoff tellement il devient inopérationnel.
Lors d'une mission près d'un consulat d'Europe centrale, Nikita est confronté à un violeur. Elle en vient à le maîtriser facilement le laissant abattu et poqué. O'Brien, le détective qui est sur ce cas depuis des années pour attraper ce violeur réalise que sa dernière victime, Nikita, n'est pas une femme ordinaire. Avec l'aide d'un témoin, il arrive à percer l'histoire de front de Nikita et la retrouve. Parce que O'Brien sait tout à son sujet, la section décide de le canceller à moins que Nikita ne retourne la situation à son avantage.
Le directoir volé est arrivé entre les mains de Red Cell et tous les agents sont en danger à travers le monde. La section doit être évacuée. Pour apprendre plus sur les prochains mouvements de Red Cell, Nikita et Michael essaie de capturer l'équivalent de Birkhoff mais dans Red Cell.. malheureusement, eux-même se font prendre prisonniers et torturer. Ni l'un ni l'autre n'est près à donner la location de Section mais quand Michael admet son amour pour Nikita, elle craque et révèle des informations parce qu'elle ne peut endurer de voir Michael être torturé. Loin d'être la fin pour Section, Nikita découvre rapidement que tout cela était un plan de la Section et il y a un grosse surprise pour Red Cell.
Jovan Mijovich est élu premier de son état main un hit man cherche à l'assassiner. Nikita et Michael avec d'autres agents sont appelés à le protéger. Durant une inauguration, le hit man est abattu mais une situation d'hotages se développe. Un homme, Bruner, prétend que Mijovich a violé et rendu sa fille aveugle durant la guerre civile de son pays natif et veut le tuer. Nikita essaie de revirer la situation et réussie à garder Mijovich en vie pour le moment. Lorsque la fille de Bruner fait surface en donnant sa version des faits, la différence entre sa version et celle Mijovich décidera de la guerre ou de la paix pour son pays.
Lorsque Nikita est envoyé pour investiguer un barman dans un club huppé qui pourrait être un contact terroriste, il se jette du 65 étage d'un building parce que Nikita l'interrogeait. Une recherche dans son appartement révèle un espèce de casque que la section réalise servait à faire du brainwash. Malheureusement, Nikita utilisera ce casque à plusieurs reprises dans le but de découvrir à quoi il sert et ce qu'il fait mais maintenant ce truc est en contrôle de son cerveau. Lorsque Nikita et d'autres agents sont à protéger le Premier de Chine contre d'autres individus qui ont été brainwashé, la section ne se doute pas que Nikita est celle qui est le plus grand risque.
En essayant de trouver Tyler un terroriste renommé, la Section découvre qu'un de ses employés a inventé un explosif plastique qui est pratiquement indétectable. Lorsque Tyler le kidnap, Nikita et son groupe sont envoyé pour capturer l'inventeur. La mission échoue et Nikita se fait dire de le canceller. Elle refuse d'obéri et Opération décide que Nikita a finallement dépassé les bornes et il l'envoie sur une mission suicide avec d'autre agents qui étaient déjà sur la liste de cancellation. Sans qu'Opération le sache, Michael donne à Nikita un moyen de s'enfuir mais son évasion changera à toujours leur vie.
