El equipo jugó en divisiones inferiores hasta que en la temporada 1997-1998 acabó cuarto de la Segunda División de España. En la promoción de ascenso a primera división jugó contra el Compostela, empatando los dos partidos, pero gracias al valor doble de los goles en campo contrario subió a la Primera División de España. Debutó por primera vez en el torneo el 31 de agosto de 1998 contra el Real Madrid. En la actualidad el Villarreal ya está considerado uno de los mejores equipos de España.
Tras acabar en 15° en la temporada 2001/02, el Villarreal disputó su primera competición internacional: la Copa Intertoto, que da una plaza en la Copa de la UEFA, pero cayó ante el también equipo español, el Málaga CF. Sin embargo, en 2003 nuevamente acabó 15° en liga, con lo que pudo disputar la Intertoto, mediante invitación.
En la temporada 2003-04 (después de obtener por vez primera la Intertoto en el verano de 2003), el Villarreal alcanzó las semifinales de la Copa de la UEFA, perdiendo ante su vecino y finalmente campeón Valencia. Sin embargo, ese verano ganó de nuevo la Copa Intertoto de la UEFA, clasificándose para el torneo de la Copa de la UEFA de la siguiente temporada, en la que lograrían legar a cuartos de final, donde caería frente al AZ Alkmaar.
En el año 2005 consiguieron el mayor éxito de su historia, de la mano de Manuel Pellegrini quedando tercero en la Primera División de España, tras el FC Barcelona y el Real Madrid, lo que les llevó a jugar la Liga de Campeones de la UEFA.
En la fase de grupos, consiguió eliminar a clubes de prestigio mundial como el Manchester United inglés, el Glasgow Rangers escocés, o el Inter de Milán italiano. El sueño de la final quedó frustrado por el Arsenal que eliminó al "submarino" en semifinales tras una victoria del Arsenal 1-0 en su campo y empatar sin goles en El Madrigal, en donde la figura del equipo Juan Roman Riquelme fallo un penal, el penal fue atajado por el aleman Jens Lehmann.
En el verano de 2006, en su cuarta final de la Intertoto cayó contra el NK Maribor por un global de 2-3, lo cual le excluye para jugar en competencias europeas en la temporada 2006-07.
En esa misma temporada, el equipo logró la segunda mejor clasificación en la Liga de toda su historia, finalizando en quinto lugar, lo que le dio acceso directo para jugar la Copa de la UEFA por primera vez en su historia, ya que las dos ediciones anteriores en las que participó logró la clasificación tras ganar la Copa Intertoto. El equipo logró esa temporada ocho triunfos consecutivos, la mejor racha de su historia, logrando los últimos 24 puntos en juego. La derrota en la final, las lesiones de gravedad de algunos jugadores como Gonzalo Rodríguez, Nihat Kahveci y Robert Pires, y la marcha a mitad de temporada de Juan Román Riquelme entre otros factores hizo que el equipo hiciera una discreta primera vuelta. La vuelta de Pires al equipo y los 19 goles logrados por Diego Forlán (quinto máximo goleador de La Liga) entre otros factores permitió cumplir con el objetivo de volver a disputar competición europea sin pasar por la Intertoto.
La mascota del Villarreal CF se llama Groguet y su diseño representa el simbolismo del submarino, apelativo cariñoso con el que se conoce al Villarreal C.F. en la Liga española.
Los colores elegidos para su creación, como no podía ser de otra manera, son los del equipo, el amarillo y el azul, los mismos con los que los aficionados del Villarreal pueblan los graderíos de El Madrigal en cada partido que el equipo disputa como local.
La mascota, que fue presentada de forma oficial el 26 de octubre de 2001, es un cuerpo fuerte, que tiene la estructura acorazada de un submarino y que cuenta con una forma y expresión humana. Groguet trata de representar la ilusión que desde el club tenemos por hacer del Villarreal C.F. un equipo fuerte y consolidado en la máxima categoría del fútbol español.
La entidad, una vez elegido el diseño de la que ya es nuestra mascota, organizó un concurso del que podían participar todos los menores de quince años de la provincia de Castellón, para que fuesen ellos los que ‘bautizasen’ a la mascota.
El trece de diciembre de 2001, el jurado eligió el nombre de Groguet de entre todas las propuestas recibidas. Javier Fuster Almela, natural de Vila-real y que entonces tenía doce años, fue el autor de este original nombre.
El jurado estuvo formado por los entonces jugadores del Villarreal C.F. Jesús Unanua y Unai Vergara, el teniente alcalde de Vila-real, Ramón Tomás, el consejero del club Manolo Gumbau, la entonces presidenta de la Agrupación de peñas, Susana García, y la abonada de la entidad Trinidad Santamaría.
Desde el 2001 y hasta estos días, los seguidores de nuestro equipo cuentan con la presencia de Groguet en los prolegómenos y durante el descanso de cada partido que el equipo disputa como local. Además, la tienda oficial del club tiene a la venta muchos productos referentes a nuestra mascota.
