El malestar contra la política real era generalizado. En la última década del siglo XVIII y primera del siglo XIX, brotaron conspiraciones como hongos, buscando hacer realidad la independencia. En 1793 se descubrió en Guadalajara la conspiración de Montenegro. En 1794, en México, la del contador Juan Guerrero, miembro del cabildo. En 1799 se logró abortar la llamada "Rebelión de los machetes" en la que participaron mestizos y mulatos del centro y occidente del país.

A fines de 1808 es descubierta una amplia conspiración dirigida pos los militares criollos Michelena y Obeso, que son apresados. Fue una conspiración de amplias ramificaciones, varias de las cuales, no descubiertas, servirían para apoyar el pronunciamiento de Hidalgo en 1810 y para darle cuerpo a la conspiración de Querétaro. Las cosas han llegado a tal punto que corren libelos que hablan abiertamente de independencia. Fray Melchor de Talamantes expone que la independencia es necesaria y provechosa, pues no se debe obediencia a un rey preso y la Nueva España tiene todos los elementos para procurar su propio sustento y felicidad.

Como rescoldo de la fracasada conspiración de Valladolid, el corregidor Domínguez de Querétaro elabora nuevos proyectos de independencia y pone al mando de su conspiración al capitán Ignacio Allende, del regimiento de Dragones de San Miguel, esta a su vez invita a participar al cura de Dolores, Miguel Hidalgo, quien terminara encabezando las reuniones.