இந்திரன் ஒருமுறை ஒரு துர்தேவதையைக் கொன்றதற்கு பிராயச்சித்தம் செய்யும் பொருட்டு பூலோகத்திற்கு வந்தான். அப்போதைய பாண்டிய நாட்டின் கடம்ப வனத்திற்கு வந்தபோது தன் துன்பங்கள் நீங்கியதை உணர்ந்தான். உண்மையை அறியமுற்பட்ட போது, அங்குள்ள ஒரு கடம்ப மரத்தின் அடியில் உள்ள சிவலிங்கம்தான் தன் துன்பம் நீங்கியதற்குக் காரணம் என்பதை அறிந்தான். அதன் பக்கத்தில் ஒரு சிறு குளமும் இருந்தது குறிப்பிடத்தக்கது. அவன் சிவலிங்கத்தை வணங்கி அதற்கென ஒரு சிறிய கோவிலைக் கட்டினான். அந்த சிவலிங்கம் இன்னும் வழிபாட்டில் இருந்து வருகிறது. அதற்கு இந்திர விமானம் என்ற பெயர் கொண்டு மதுரை கோயிலில் இருந்துவருகிறது.

ஒருமுறை மானவூரைச் சேர்ந்த தனஞ்செயன் என்ற வியாபாரி கடம்ப வனத்தின் வழியாகச் சென்ற போது, இரவு இந்திர விமானத்தில் தங்க நேர்ந்தது. காலையில் அவன் எழுந்து பார்த்தபோது சிவலிங்கத்தை வழிபட்டதற்குரிய அடையாளங்கள் தெரிந்தது. அதனை தேவர்களின் வேலையென நினைத்த வியாபாரி மன்னன் குலசேகரபாண்டியனிடம் சென்று கூறினான். அதற்கு ஏற்றார்போல் முதல் நாள் இரவே, சிவபெருமான் பாண்டியனின் கனவில் தோன்றி குறிப்பிட்ட இடத்தில் ஒரு கோயிலும், அதனை மையமாகக் கொண்டு ஒரு நகரத்தையும் நிர்மாணிக்குமாறு பணித்தார். குலசேகரனும் கட்டி முடித்தான்.

 முதன் முதலில் குலசேகர பாண்டியனால் இந்தக்கோயில் கட்டப்பட்டது என்றாலும், அந்தக்கோயிலை மிகச்சிறப்பாக மாற்றிய பெருமை நாயக்கர்களையே சாரும். நாயக்கர்கள் மதுரையை 16முதல் 18ஆம் நூற்றாண்டு வரை ஆண்டிருக்கிறார்கள். அதனால் தங்களது ராஜமுத்திரையின் பிரதிபளிப்பாக மதுரை மீனாட்சி சுந்தரேசுவரர் கோயிலை நிர்மாணித்திருக்கிறார்கள்.