Esta serie se trata de la historia de dos hermanos muy unidos: Edward y Alphonse Elric. Su padre los abandonó desde muy chicos dejándolos con su madre, la que más tarde enferma y muere.

Ellos aficionados a la alquimia deciden realizar la transmutación humana para así lograr revivirla a pesar de conocer la prohibición del procedimiento.

Utilizando los escritos de su desertor padre aprenden alquimia avanzada y lo intentan. Los resultados son escalofriantes: Edward pierde una pierna  y sede un brazo para salvar el alma de su hermano fijándola a una armadura, su madre jamás revivió. Para reparar los daños causados deciden avanzar en la alquimia y conseguir la piedra filosofal y asi volver a sus formas originales.

Para a aprender mas de la alquimia deciden convertirse en alquimistas nacionales. Así tendrían acceso a una biblioteca sin igual además de contacto con grandes exponentes del tema pero a cambio debían obedecer las ordenes de los militares.

Solo Edward logro pasar el examen pues alphonse no se presento a las pruebas físicas ya que no tiene cuerpo que examinar .

De ese entonces recorren el mundo tras la piedra filosofal, ayudando a personas en su camino. Descubriendo los terribles acontecimientos que rodean a los militares y alquimistas y descubriendo el secreto de la creación de la piedra filosofal: vidas humanas. Luego de grandes enfrentamientos contra quimeras, alquimistas y homúnculos logran desifrar el complot tras las mentiras.