En los sistemas hipógeos (son los que se encuentran por debajo de la tierra), pueden existir tanto fuentes autóctonas de energía que son las que están en el sistema y fuentes alóctonas que son las que ingresan al mismo, que son transportadas por diversas vías. La frecuencia y magnitud de las entradas de energía dentro de las cuevas son muy importantes para el mantenimiento de las poblaciones de organismos.

Existen diversos sistemas hipógeos que se clasifican de la siguiente manera: